Alla tíð hefur rík áhersla verið lögð á flokkun úrgangs í starfsemi Bónus en flokkun og endurvinnsla er nauðsynleg til þess að draga úr neikvæðum umhverfisáhrifum úrgangs. Á árinu 2022 var ný og endurbætt flokkunaraðstaða fyrir viðskiptavini sett upp í öllum verslunum Bónus. Þar geta viðskiptavinir á auðveldan hátt flokkað bylgjupappa, pappír, rafhlöður, matarleifar/lífrænt, málma, plastumbúðir, gler með skilagjaldi og plast með skilagjaldi.